Jan Johan Vlug publiceerde veel over fuutachtigen, eerst vooral over de gewone fuut, later lag de nadruk meer op de roodhalsfuut en andere verwante soorten. Zijn artikelen verschenen onder meer in het Duitse ornithologische tijdschrift Corax en in diverse ornithologische werken. Eerder publiceerde hij een monografie over de roodhalsfuut en schreef hij voor de in 2018 verschenen SOVON Atlas.